“十三五”以来，内蒙古自治区以区级蒙医医院为龙头，盟市级为骨干，旗县级为基础，基层医疗卫生机构蒙医药服务为网底，其他各类医疗机构蒙医药服务为补充的医疗服务体系逐步完善。80%的公立蒙医中医医院达二级甲等以上，所有的三级蒙医中医医院设立了“治未病”中心，二级蒙医中医医院设立了“治未病科”。96.36%的社区卫生服务中心和91.31%的苏木乡镇卫生院设蒙医科或中医科，82.24%的社区卫生服务站和64.68%的嘎查村卫生室能够提供蒙医药或中医药服务。
在深化医药卫生体制改革方面，自治区推进公立蒙医中医医院改革，保留蒙药院内制剂和中药饮片加成，落实387项蒙医医疗服务和315项中医医疗服务价格。开展蒙医中医医院绩效评价，推进临床路径管理，制定 158个蒙医优势病种诊疗方案和130个病种的蒙医临床路径，形成完全应用蒙医药诊治疾病考核方案。推进蒙医中医医疗联合体建设，组建了蒙医皮肤、蒙医骨伤、心身医学等专科联盟。将蒙医非药物疗法和蒙药(包括成药、制剂、饮片)纳入医保和新农合报销目录。
为不断壮大蒙医药中医药人才队伍，自治区在开展全国传承工作室和流派工作室建设项目的基础上，新建第六批全国学术经验继承20个、基层专家传承工作室19个。自治区蒙医中医学术经验继承工作培养继承人460名。同时，开展基层卫生技术人员蒙医药中医药知识与技能培训。
“十三五”期间，内蒙古自治区蒙中医药管理局会同科技厅制定《十三五蒙医药科技创新专项规划》，加强蒙医药中医药学科继续创新。在新一轮领先学科、重点学科评审工作中，72个蒙医中医学科通过评审，数量达到上一轮的8倍。国家中药标准化项目进展顺利。完成新版蒙医医院门诊病历、住院病历制定，16个病种的蒙医临床诊疗指南制定取得成果。完成国家级“民族医药文献整理”项目，20项蒙医药适宜技术推广项目通过国家验收。
